¿ChatGPT Realmente Cure el Cáncer de un Perro? Es Complicado

El cofundador de OpenAI, Greg Brockman, amplificó un relato ampliamente compartido durante el fin de semana sobre una perra tratada con una vacuna personalizada de ARNm contra el cáncer, desarrollada con la ayuda de ChatGPT, generando revuelo en las comunidades tecnológicas y de IA.

Este caso gira en torno a Rosie, una Shar Pei de siete años propiedad del consultor de IA australiano Paul Conyngham.

Según publicaciones que circulan en línea, a Rosie le habían dado solo meses de vida antes de recibir el tratamiento experimental, que Conyngham afirma fue desarrollado con la asistencia del chatbot de IA.

«A finales de 2022, noté extrañas protuberancias en su cabeza,» escribió Conyngham en un hilo documentando el proceso desde el inicio. «Lo que el veterinario consideró como ‘solo verrugas’ resultó ser cáncer en etapa avanzada.» Los veterinarios estimaron que Rosie tenía entre uno y seis meses de vida y le dijeron a Conyngham que no había nada más que pudieran hacer.

La historia se propagó rápidamente después de que Brockman la compartiera con sus cientos de miles de seguidores, provocando cobertura en varios medios tecnológicos.

Si bien el tratamiento en sí parece genuino, se ha debatido el papel que se le atribuye a ChatGPT en el desarrollo de la vacuna, con investigadores cuestionando cuántos de los procesos podrían ser realmente manejados por un modelo de lenguaje de gran tamaño.

Avanzando

Conyngham decidió no rendirse con Rosie. En su lugar, decidió construir una cadena de investigación utilizando herramientas de IA para consumidores. Comenzó con ChatGPT, utilizándolo para diseñar un plan de acción.

El modelo le indicó que necesitaba la secuenciación del genoma, una muestra de tejido sano y otra del tumor, y lo orientó hacia instituciones y equipos específicos.

«Lo más irónico es que en una sesión de chat anterior, ChatGPT me sugirió que intentara contactar con Elita o el Dr. Martin y que debería utilizar una máquina Illumina,» escribió en ese momento.

Así que siguió esa pista.

Un director de UNSW lo conectó con el Dr. Martin Smith, jefe del Centro Ramaciotti de Genómica, quien aceptó secuenciar el genoma de Rosie por alrededor de $3,000.

Diez días. Treinta veces más de profundidad en tejido sano, 60 veces en el tumor: una tasa más alta necesaria para aislar las mutaciones que impulsan el cáncer. El Centro devolvió 320 gigabytes de datos en bruto.

La información genómica se expresa en cadenas de letras A, T, C y G, por lo que los expertos esencialmente terminaron con un montón de 700,000 páginas impresas por ambos lados llenas solo de esas cuatro letras, según informó la Universidad de Nueva Gales del Sur en junio del año pasado. Esa era el genoma de Rosie, su huella biológica.

Luego, se centró en c-KIT, una proteína bien documentada en la literatura publicada sobre tumores de mastocitos en perros.

Utilizando AlphaFold de Google, modeló la versión de Rosie de la proteína y la comparó con la línea de base saludable. Se veía mal, mutada de maneras que coincidían con lo que la literatura predecía. Luego buscó compuestos existentes que pudieran atacar c-KIT o proteínas similares, y encontró uno: un medicamento que ya se usa en EE. UU. para tratar otro cáncer en humanos.

“Tomamos su tumor, secuenciamos el ADN, lo convertimos de tejido a datos, y usamos eso para encontrar el problema en su ADN y luego desarrollar una cura basada en eso,” comentó Conyngham al programa australiano Today Show el sábado. “ChatGPT asistió a lo largo de todo el proceso.”

El verdadero papel de la IA

Aun así, existe una gran diferencia entre que ChatGPT encuentre una cura para el cáncer y que ChatGPT asista en la investigación.

Conyngham finalmente se conectó con el Prof. Palli Thordarson, Director del Instituto de ARN de UNSW. «El Prof. @martinalexsmith realizó la secuenciación de ADN/RNA para convertir el tejido de Rosie en datos en bruto,» publicó Conyngham. «El Prof. @PalliThordarson ensambló la vacuna de ARNm,» agregó en otro tuit.

Thordarson confirmó esto en su propio hilo: «Orgulloso de haber estado involucrado con @UNSWRNA y de haber fabricado el mRNA-LNP para Rosie,” escribió el domingo. “La intersección de la tecnología de ARN, la genómica y la IA plantea una oportunidad para cambiar la forma en que hacemos medicina y hacer que el acceso sea más equitativo.”

Sin embargo, el Dr. Smith no era un hombre detrás de una pantalla de ChatGPT. Era un profesor que dirigía un instituto universitario de ARN, haciendo lo que su laboratorio estaba preparado para hacer.

Y cuando Conyngham identificó la construcción final de la vacuna—el plano molecular específico que se codificaría en el ARNm—reveló qué herramienta la diseñó. No fue AlphaFold. No fue ChatGPT. «La construcción final de la vacuna para Rosie fue diseñada por Grok.»

Dicho esto, reconoció en una publicación aparte que “Gemini también realizó gran parte del trabajo pesado.»

ChatGPT se utilizó para filtrar artículos científicos e identificar investigadores que podrían ayudar. El chatbot apuntó al Centro Ramaciotti y sugirió equipamiento de secuenciación adecuado para la tarea, actuando en gran medida como una herramienta para navegar por la literatura de investigación. Ese papel puede ser útil, pero es diferente de diseñar una vacuna o realizar un análisis científico.

AlphaFold, un sistema de aprendizaje profundo de Google DeepMind, predice estructuras proteicas tridimensionales a partir de secuencias de aminoácidos. No es el primer modelo entrenado con datos biológicos: otras iniciativas de código abierto como Ankh o AlphaGenome funcionan bajo premisas similares.

Conyngham utilizó AlphaFold para modelar la proteína c-KIT de Rosie. La representación tuvo un puntaje de confianza de 54.55, que la bióloga estructural de UNSW, Dra. Kate Michie, describió públicamente como bajo.

Ella señaló que AlphaFold «puede cometer errores» y que se necesita un trabajo de laboratorio significativo para validar cualquier salida. El Dr. Smith, el director de genómica de UNSW, confirmó públicamente en el mismo hilo que AlphaFold no se utilizó para el diseño de la vacuna de ARNm en absoluto.

El Dr. Thordarson también fue cuidadoso con el enfoque.

«Esto puede no haber curado a Rosie,» escribió en X. «Con certeza le compró tiempo, pero algunos de los tumores no respondieron.»

Su equipo está revisando si esos tumores mutaron de manera diferente, lo que explicaría por qué partes del tratamiento funcionaron y otras no. La vacuna tampoco funcionó de manera aislada.

«El tratamiento requería la coadministración de un inhibidor de puntos de control,» notó Thordarson, «probablemente con todas las vacunas personalizadas contra el cáncer.»

El uso de IA para el tratamiento del cáncer no siempre ha sido una historia de éxito.

En 2017, documentos internos de IBM revelaron que Watson para Oncología, comercializado como un sistema que podría recomendar tratamientos contra el cáncer mejor que los oncólogos humanos, estaba generando recomendaciones que sus propios ingenieros marcaron como «inseguras e incorrectas».

El Centro de Cáncer MD Anderson abandonó el proyecto después de gastar $62 millones en él. IBM vendió Watson Health en su totalidad en 2022.

El caso de Rosie no se encuentra en la categoría de fracasos de IA. Nadie resultó herido, la ciencia subyacente está establecida y los investigadores involucrados tienen credenciales reconocidas.

La plataforma de ARNm en sí cuenta con respaldo de investigación clínica. La inquietud radica más en cómo se ha enmarcado la historia. Cuando las herramientas de IA reciben crédito por el trabajo realizado por científicos e instituciones de investigación, se puede difuminar la comprensión pública de lo que realmente hace la tecnología.

Los investigadores que realizaron la secuenciación, produjeron la vacuna y gestionaron los protocolos de seguridad corren el riesgo de desvanecerse en el fondo.

Este episodio recuerda que la IA puede ayudar en tareas como navegar por literatura científica, pero aún está lejos de reemplazar la experiencia y la infraestructura necesarias para diseñar y producir tratamientos médicos.